Te l'ho già suggerito, VLC non è un player serio. Eliminalo completamente, è buono solo per chi non ha voglia di installare codec e di vedersi il divx appena scaricato.
Lascia perdere guide e controguide, la cosa è semplicissima.
Primo: disinstalla tutti i codec che hai installato, e anche i vari player.
Secondo: scarica media player classic, non è un player microsoft, è un clone open source del media player 6.4. Aprilo una volta, e impostalo dalle opzioni come player predefinito per TUTTI i file video, tranne i WMV e ASF.
Terzo: installa e scarica ffdshow, e impostalo per riprodurre tutto tranne H.264
Quarto: registra coreavc
Quinto: buon divertimento
Con questi pochi accorgimenti potrai guardare quicktime, TS, mkv direttamente dentro media player classic.
Se usi qualche applicazione diversa da mpc, tipo frontend htpc (meedio, media portal) hai bisogno dello splitter matroska per aprire i file mkv.